引用参考文献不算查重。
论文检测系统会设置一个阈值，比如知网。一般单篇文献引用率低于3%是检测不出来的。高于3%的，算作重复率。而且作者引用文献要写格式正确，格式不对就算作重复率。复检相当于匹配过程，以周期为单位。如果一个句子与其他文档重复，很容易被判断为重复。
在论文中引用参考文献需要注意什么？
第一，引用高质量的参考文献。参考文献的质量再次反映了论文的学术水平，总体上反映了论文的科学性、实用性和先进性。这就需要作者注意阅读和积累权威医学期刊文献和权威专家文献。
第二，论文引用的参考文献是否新颖，在一定程度上反映了论文的先进性。所以写毕业论文最好引用最新的参考文献。当然，在这方面有开拓性贡献的老文献也可以适当引用，但不要太多。
第三，自引文献量有待提高。自引文献有两种，一种是作者自引，一种是期刊自引。作者自引是指作者引用自己以前发表的文章作为参考，期刊自引是指期刊引用该期刊以前发表的文献。
第四，参考文献的引用要全面，必须引用全面的参考文献，尽可能全面地引用国内外的相关研究成果。